Caro amico, lo specifico dell'essere umano è quello di essere un animale razionale. Si ragiona con i neuroni e non con le viscere, e solo ragionando con i neuroni si potrà elaborare un discoso di senso compiuto. Questo non significa che non ritenga ingiusta, sempre per tornare all'esempio di Giordano Bruno, l'atroce morte di costui, ma si tratta di un'ingiustizia che non è imputabile a coloro che la commisero (o, comunque, non lo è in senso pieno), perché questi non mandarono Bruno sul rogo sapendo di star compiendo un'ingiustizia (anche se, questo è possibile, ma lo sa solo Iddio, magari alcuni dei giudici del medesimo non erano in perfetta buona fede quando lo condannarono).
Per il resto, fai la tua solita confusione e metti assieme metodo scientifio e razionalità come se fossero la stessa cosa.
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Deus non deserit si non deseratur
Augustinus Hipponensis (De nat. et gr. 26, 29)