Caro Marco,
come ben sai la separazione, soprattutto avendo dei figli, è una soluzione drastica con diverse conseguenze destabilizzanti per l'intera famiglia.
Poichè non credo che nel Forum via sia un professionista del settore, perchè non provi a cercare nella tua zona un consultorio familiare della ASL (quindi con dei costi accessibili) che possano aiutarti/vi ad esaminare la vostra situazione?
Ti segnalo il link di detto Consultorio, che nella fattispecie si trova a Milano, ma ripeto, sicuramente c'è anche nella tua zona, dove puoi leggere le finalità offerte:
www.asl.milano.it/user/Default.aspx?SEZ=2&PAG=54
In bocca al lupo!